上下透气隐患：许多公墓在设计时，为便于日后开启墓穴放入新的骨灰盒，会在墓穴内预留出水口，且墓位上方不完全封闭。这种做法存在重大隐患。传统墓葬讲究“入土为安”，需聚气安葬。而上下透气导致地气散逸，骨灰盒间接暴露于空气中，这在风水学上被视为大凶之兆，不利于逝者安息，亦可能对后人带来不利影响。
几代同穴禁忌：公墓宣传中常以能三代同葬一穴作为卖点，看似经济实惠，实则大忌。夫妻合葬或几代同葬一穴，需撬开已安葬的墓穴，这等同于掘墓开棺，使原本聚集的地气一次性散逸殆尽。即便是风水宝地，经此折腾也会前功尽弃，墓位失去效用。多人同穴更是多次被打开，若新封不符合风水法度，凶祸立现。因此，风水学中有“要想富分开住”之说，不无道理。
墓穴内空问题：传统葬法要求棺木或骨灰盒四周上下用土填满，以圆满聚集地气，福荫子孙。而现代公墓中，部分墓穴设计未能充分考虑这一点，导致墓穴内空，影响聚气效果。
囚字格局困扰：公墓若过于靠近市区，被商业或交通要道包围，形成囚字格局，这是风水大忌。理想的阴地应远离闹市，保持安静。未来几十年内，国内的重要人物更可能出自二三线城市或农村。即便公墓本身龙脉风水上佳，若管理不当也会千疮百孔，失去原有优势。
墓碑布局杂乱：公墓内墓碑密布，相互冲射、挤压、阻挡，形成不良形煞。这与传统家族墓地的有序布局相去甚远，不利于风水聚气。
立向精度缺失：公墓墓位的修造多由管理方负责，立向精度难以保证。尽管管理方可能声称有高明地师指导，但实则难以令人信服。若自行请地师定向立碑，往往难以得到公墓方的支持。因此，公墓墓位的立向往往带有一定随机性，吉凶难料。
视野遮挡问题：公墓为美化环境常种植大量树木，但这些树木可能遮挡视野，形成形煞。传统风水学认为“坟前不种树”，以免阻碍子孙前程。公墓内的树木种植需兼顾美观与风水考量。
树木生长破坏：公墓内种植的树木长大后可能拱破墓位、深入墓穴或阻挡视线。目前多数公墓已开始摒弃柏树套种做法，以防对棺椁造成破坏。
立向固定限制：公墓墓位的立向往往由管理方统一规定，个人难以自行调整以求生旺。即便通过关系微调也难以达到 佳效果。要想根据龙水确立 佳立向，在公墓中几乎不可能实现。
分金操作困难：公墓墓位和墓穴设计固定，缺乏调整余地，使得分金操作难以实现。此外，骨灰盒立向分金也存在困难，部分墓穴设计过于狭小，不利于分金操作。
